L'établissement se divisait en trois parties bien distinctes, d'abord le quartier des infectés (tous les arrivants étaient considérés comme infectés), le quartier des désinfectés et les locaux réservés au personnel.
Durant son séjour à l'hôtel, l'émigrant devait subir un certain nombre de contrôles médicaux et sanitaires. L'Hôtel Atlantique avait été conçu de manière à ce que toutes ces opérations puissent se faire dans les meilleures conditions. Après avoir satisfaits à ces différents contrôles, les émigrants pouvaient circuler librement dans les rues de la ville.
Plusieurs personnes de la société cherbourgeoise voulurent aider les émigrants pendant leur séjour. Ils créèrent un comité de soutien afin de faciliter les formalités d'embarquement. Le séjour à l'Hôtel Atlantique pour tous ces pauvres gens était, malgré tout, confortable puisqu'ils bénéficiaient de restaurants copieux, de salles de repos et de lieux de culte. Pour les émigrants juifs, on avait installé une cuisine et un réfectoire spéciaux respectant les rites de leur religion.
Le jour de leur embarquement, les émigrants partaient en un long cortège vers la petite gare maritime du quai de l'ancien arsenal. Arrivés là, ils passaient une fois encore devant les services de police et d'émigration. Il arrivait parfois que des escrocs se glissent parmi les émigrants en partance. Ils étaient généralement repérés et ne pouvaient quitter le pays.
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